Des remarques et des analyses pointues, François, qui font réfléchir et avancer, bien que ce soit loin d'être évident !
Pour répondre à quelques-unes de vos questions et suggestions, je vais commencer par le vocabulaire, c’est le plus simple.
Et d’abord, le mot koinônia : comme vous le dites vous-même un terme d’abord et essentiellement paulinien (Philippiens 1,7 ; 3,10 ; 4, 15 ; 1 Co 1,9), et qu’on ne trouve pas dans l’évangile de Jean. Mais on le trouvera dans la première lettre de Jean (1,6 et 7). Je ne crois pas que la communauté johannique ait pu l’emprunter à Paul (à moins qu’à Ephèse, il y ait eu des échanges bien après la mort de Paul entre groupes chrétiens pauliniens et johanniques, cela reste possible) ; mais le sens est bien le même,  en tout cas très proche :
Paul considérait que la koinônia  est d’abord participation à la vie, aux souffrances, à  la mort et à la résurrection du Christ, et qu’elle fonde ainsi la participation des chrétiens à une même vie commune que j’appellerais volontiers « christique ». 
1 Jean écrit : « si nous disons que nous sommes en communion avec lui (...) ; mais si nous marchons dans la lumière comme lui-même est dans la lumière, nous sommes en communion les uns avec les autres » (1,6-7).
 

Par ailleurs il est évident que dans l’évangile de Jean, comme chez Paul, l’amour mutuel (agapè) est signe de la participation à la relation d’amour du Père et du Fils : « si quelqu’un m’aime, il gardera ma parole, et mon Père l’aimera et nous viendrons près de lui et nous ferons chez lui notre demeure » (Jn 14,23).
Faut-il dire que pour Jean, on est déjà dans « la communion trinitaire » ? je trouve que c’est plaquer sur le Nouveau Testament un vocabulaire qui apparaîtra deux siècles au moins plus tard… Est-ce bien utile ?

Reste l’énorme question du caractère « fermé » (faut-il dire « sectaire » ?) des premières communautés johanniques, où l’amour du frère (chrétien) semble faire oublier le monde, dont on ne fait plus partie ? Alors que Paul ouvrait grand les portes (Ga 3, 28) !
Il y a certainement eu cette tendance dans la trajectoire des groupes johanniques et elle se reflète dans certains passages de l’évangile, notamment dans les discours après le dernier repas, ch.15 et 16 où le monde prend une connotation négative : « si le monde vous hait, sachez qu’il m’a haï avant vous  » (15, 19) « le monde les a haïs, parce qu’ils ne sont pas du monde, comme moi, je ne suis pas du monde… Comme tu m’as envoyé dans le monde, moi aussi je les ai envoyés dans le monde » (17,15-19). Certainement à une époque de conflit très intense avec la société gréco-romaine contemporaine. Alors on se serre les coudes entre frères.
Mais il faut rappeler deux choses :
 -D’abord, les trois lettres montrent qu’un conflit interne à la communauté se termine par un véritable schisme, le départ d'un groupe qui disparaît ( 3 Jn) et une entrée de la communauté johannique dans l’Eglise plus large et plus ouverte qui est déjà celle de Pierre (et de Paul) ; le chapitre 21 en témoigne.
- Par ailleurs, dire que les disciples "ne sont pas du monde » (17, 15), c’est affirmer qu’ils sont « nés à nouveau » et « nés d’en haut », comme Jésus le dit à Nicodème, et comme le Prologue l’affirme (« ils ne sont pas nés du sang et d’un vouloir de la chair, d’un vouloir humain, mais de Dieu » (1,13). Et cela est vrai de tout disciple, en même temps que c'est proposé à tout être humain.
Cela n’empêche pas -au contraire-  que les disciples sont « envoyés dans le monde », comme Jésus lui-même, et que c’est ce monde que "DIeu aime et qui doit être sauvé" (3,17). S’il y a jugement du monde, c’est pour que ce monde soit transfiguré par l'amour de Dieu..
Et comme vous le soulignez, contre toute tendance ou déviance gnostique, Jean affirme bien que la Parole de Dieu est venue dans notre chair, dans notre monde, pour sauver ce monde.
 

L’existence nouvelle qui unit les disciples et leur fait partager la vie d’échange du Père et du Fils se vit d’abord dans ce monde, et non pas dans un futur éthéré, même s’il est espéré. C’est maintenant que le don de l’eau jaillissante en vie éternelle est fait à chaque baptisé, les chargeant d’annoncer ce salut au monde….