Merci, Michel et le groupe de l’Haÿ de votre question.
Les communautés johanniques rencontreraient-elles les mêmes difficultés que celles de Paul ?
C’est peut-être la voie de la facilité, mais j’ai envie de faire une réponse nuancée.

D’abord parce que les membres des communautés n’ont pas vraiment la même origine, et que les époques diffèrent.
Chez Paul, on est largement dans des villes grecques et dans une annonce à des païens et à des craignants-Dieu. Et Paul reste juif jusqu’au bout, au moins jusqu’à la lettre aux Romains, dans la conviction que Jésus Christ EST le Messie attendu par les Juifs. Don coup de gueule contre les Juifs en 1 Th 2,14-15 est très circonstanciel ; car il ne faut pas oublier que Paul appartient à un judaïsme d’avant 70, où des groupes très différents coexistaient, parfois avec de terribles violences entre eux, mais en se reconnaissant.
Et si Paul est déchiré par le refus d’une bonne partie de « son peuple », il affirme jusqu’au bout que « tout Israël sera sauvé » (Rm 11,26), car les promesses de Dieu sont inaliénables.
Ensuite Paul se bat contre les querelles et fissures à l’intérieur des communautés surtout pagano-chrétiennes, Corinthe, Philippes, et enfin Rome. Son souci est d’éviter l’enthousiasme des Grecs qui se croient vite des purs esprits, déjà ressuscités, et méprisaient cordialement les autres. Il les convoque devant la croix !

Jean porte les traces d’un débat premier avec le courant du judaïsme d’avant 70 dont Jésus est issu : le courant baptiste avec la figure majeure de Jean Baptiste. Mais il semble que la question soit assez vite réglée, Jean Baptiste n’est plus celui qui « baptise » Jésus, mais celui qui le désigne comme plus grand que lui et s’efface derrière lui.
Ensuite les communautés johanniques auront un combat très dur à mener contre le judaïsme d’après 70, qui est sorti du désastre de la guerre juive (Temple brûlé, Sadducéens éradiqués, Jérusalem en ruine etc.), pour se redonner une identité très forte autour de la Loi et de la synagogue. Ce judaïsme se redéfinit en excluant tous les déviants, dont les « Minnîm et les Narôreîm », ces derniers étant les nouveaux chrétiens issus du judaïsme. Si bien qu’au contraire de Paul, Jean construit une figure des « Juifs », qui, si elle représente le plus souvent au niveau de Jésus les autorités du Temple, prend souvent l’allure de l’ennemi numéro 1. Cette façon qu’a Jean de faire des « Juifs » l’adversaire n°1 a conduit (avec l’évangile de Matthieu à l’appui) à nourrir un antijudaïsme chrétien aux conséquences catastrophiques. On oublie que Jean sait aussi faire dire à Jésus : « le salut vient des Juifs » (4,22).

Une troisième étape et un troisième type d’adversaire pour les communautés johanniques est représenté par « le monde » des grands discours de Jésus (ch. 14 à 17), où « le monde » représente tous ceux (autorités romaines, dénonciation par des Juifs ?) qui font subir aux petites communautés tracasseries et persécutions. Là encore, c’est à une période tardive (90 ? 95 ?) que l’évangéliste écrit : « le monde les hait, parce qu’ils ne sont pas du monde, comme moi je ne suis pas du monde » (17,8 et 14-18) ; pour autant Jésus poursuit : « comme tu m’as envoyé vers le monde moi aussi je les ai envoyés vers le monde ». 
En écho probablement avec les affirmations massives de 3,17 : « Dieu a tellement aimé le monde qu’il a donné son Fils unique…. Non pas pour juger le monde, mais pour que le monde soit sauvé ».

Et un dernier front pour l’évangile de Jean, dont témoignent le Prologue et les lettres : des dissidents intérieurs qui nient l’humanité de Jésus. Ce sont déjà ceux que l’on peut appeler des « docètes » (l’incarnation a consisté à faire semblant), voire des gnostiques : pour eux Jésus est  Dieu et n’a jamais été vraiment un être humain (c’est le cas de beaucoup de chrétiens encore aujourd’hui) ! 
Le conflit se termine par un départ du groupe dissident (1 Jn 2 et 3), et par l’adhésion de la communauté johannique aux Eglises de Pierre (on est au début du 2ème siècle), au chapitre 21.

Finalement, après avoir dit tout cela, je vois que vous avez vu plutôt juste ; c’est souvent la même histoire qui se reproduit, mais toujours un peu autrement : conflit avec le judaïsme (nous devrions en être définitivement sortis, Paul avait complètement raison !), conflit avec « le monde » des non-croyants et des autorités politiques, conflit à l’intérieur sur des questions christologiques, et, même à Corinthe ; éthiques. 
Mais à chaque époque selon des configurations différentes, et je crois qu’il ne faut pas trop vite, ou même pas du tout appliquer, à des conflits actuels des réponses tirées de Paul ou de Jean. Ils nous invitent plutôt à inventer nos propres chemins…

Gérer nos conflits, nos différences d'interprétation, nos désaccords de gouvernance ! Cela fait beaucoup. Et je pense qu'on doit distinguer...
Evidemment, je n'ai pas de remède miracle et je ne sais pas faire en réalité. 
Mais tout de même s'il s'agit de désaccords de gouvernance dans l'Eglise catholique, nous avons de très bons arguments dans le dernier compte-rendu romain du Synode. Il est suggéré de proposer partout une invitation au dialogue (conversation dans l'Esprit ? ! je n'ai jamais pratiqué), et normalement à tous les niveaux les dialogues pourraient s'ouvrir. Je ne suis pas assez naïve pour croire que cela se fera partout et sans peine, mais je crois qu'on peut, de façons multiples et différentes, à divers niveaux, réunir des chrétiens, ouvrir des questions, écouter, dialoguer. 
C'est déjà vivre en chrétiens, c'est déjà tenter de partager ce que l'on croit, voire essayer de prier ensemble (la Bible, ce n'est pas mal comme lieu de partage, mais il y a toutes les questions sociétales, politiques etc..). Proposer aux nouveaux baptisés de rejoindre de tels groupes.  Plus ces groupes se multiplieront, plus la foi sera vivante. 
C'est aussi s'investir largement dans la société sans prosélytisme, mais sans cacher le fait que nous parlons en chrétien... Et en dénonçant clairement et sans hargne les instrumentalisations  politiques de la foi... ou de la tradition chrétienne.
Je dirai la même chose pour le dialogue oecuménique etc...
Les célébrations posent souvent un problème aigu, mais est-ce qu'on n'en majore pas l'importance du fait d'une certaine visibilité ? 
On n'est pas obligé pour y participer d'adhérer à tout ce qui s'y fait. Parfois on peut accepter, parfois on peut se sentir obligé de se retirer... mais pour faire ailleurs...
Ce n'est pas simple. Mais j'ai l'impression que les choses peuvent bouger (plus ou moins vite), et même si parfois elles bougent dans le mauvais sens, en tout cas, qu'il ne faut pas arrêter de bouger sans s'exaspérer, ni perdre courage.