Vous avez raison de lire ce texte comme un texte bienveillant, un appel à comprendre que Jésus ne vient pas détruire la Loi de Moïse, ni inventer ou instaurer une religion nouvelle. Et cela est fondamental. C’est au cœur du judaïsme que Jésus se situe.
Mais le texte est plus complexe que cela, le récit johannique sait bien que la situation n'est pas lisse ni simple, et il souligne aussi la subtilité des positions et la difficulté des relations entre Juifs et Samaritains, mais aussi déjà entre les chrétiens et les Juifs !
Je m'explique : je vous ai dit à quel point les relations entre Juifs et Samaritains sont marqués par une histoire très lourde, des anathèmes anciens, et à l’époque de Jésus une véritable opposition. Cela, au motif d’une longue tradition d’idolâtrie chez les peuples installés dans le passé par les Assyriens en Samarie ! Or, c’est à une Samaritaine que Jésus va révéler qui Il est, c’est d’elle qu’il fera une « missionnaire » auprès de son village ; et les disciples, en bons Juifs sont scandalisés.
Cela montre clairement que tout n’était pas facile, et qu’il y avait d’anciens Samaritains dans la communauté johannique. Jésus, en passant par la Samarie montre qu’il dépasse largement le périmètre du monde juif. Est-ce vraiment acceptable ?
Par ailleurs, on voit bien que la femme est prête à reconnaître en Jésus le « Messie » attendu (et les attentes étaient diverses, celles des Samaritains n’étant pas identiques à celles des Juifs). Nous avons vu la fascination qu’il exerce sur Nicodème, nous verrons celle qu’il exerce sur les foules au chapitre 6 : « en voyant le signe qu’il avait fait, ils disaient : « c’est lui le prophète, celui qui vient dans le monde ». Mais Jésus sachant qu’ils allaient venir s’emparer de lui et le faire roi, s’en retourna de nouveau seul dans la montagne » (6,14-15). Prophète des derniers temps, ou messie, les foules espèrent toutes un chef charismatique qui chassera les Romains dehors (et éventuellement pour certains qui purifiera le Temple) ! Mais Jésus est arrêté, emprisonné, condamné et crucifié : pour la majorité des Juifs, il n’est pas crédible. Et on peut le comprendre.
A partir de là, on comprend aussi que les deux traditions vont se durcir et se refermer sur elle-même. SuIvront les exclusions et les anathèmes, dont la suite de l'évangile témoigne. 
Il est certain qu’à beaucoup d’endroits, au cours du 2ème s. des Juifs et des chrétiens vivront en bon termes. Et c’est peut-être les soucis doctrinaux des responsables qui ont alors accentué la déchirure. Déjà, ce sont  dans le texte de Jean les "autorités juives" qui ont décidé du destin sinistre de Jésus (voir 11,49-50).