Je suis un peu perplexe devant votre question sur la création dans les récits de la Genèse (sur lesquels bien sûr, Colossiens fait fond). Il me semble qu’en lisant ces textes avec A. Wénin il y a deux ans, nous avions bien défini le genre littéraire de Genèse 1-11, des récits « mythiques » au sens fort du terme « mythe » et notamment du mythe d’origine. Il s’agit de placer à l’origine ce qui est fondamental au sens de ce qui fonde, maintient et déploie jusqu’à son terme ce qui apparaissait essentiel des relations de Dieu avec l’univers. Des récits qui tentent de dire dès l’origine le projet final et définitif de Dieu : la bénédiction sur le monde et sur les êtres humains. En termes un peu pédants, un récit à visée eschatologique (l’eschatologie étant projetée sur le commencement).
Evidemment, ces récits qui ne relèvent ni du « logos » (la raison discursive) ni de l’histoire (qui n’existait pas en tant que discipline scientifique) n’ont rien à voir avec ce qui a pu se passer dans les commencements de l’humanité, que leurs auteurs ignoraient totalement. Il n’est donc pas question d’y chercher une harmonisation quelconque avec ce que nous apprenons par la science de l’apparition et du développement des espèces d’homo et du sapiens sapiens ! 
Cela me paraît aberrant. Quelle que soit notre connaissance (maintenant devenue l’objet d’une recherche scientifique) des commencements du monde, cela n’enlève rien à la méditation sur la visée du projet divin pour nous.

Vous parlez d’harmonie initiale en suivant le récit de Genèse comme s’il s’inscrivait dans un déroulement historique ; ce que la suture entre deux récits différents (Gn 2, 4) dénonce avec suffisamment de clarté.
Genèse 1 célèbre le projet de bénédiction de Dieu sur un monde qui est une vision de la fin (eschatologique), un monde de paix et de douceur entre tous les vivants. Une bénédiction qui dès lors va accompagner comme en toile de fond le devenir de l’humanité. C’est une dénonciation des mythes babyloniens de combat des dieux du bien et du mal pour la fabrication et la domination de l’univers. Et l’affirmation de l’unicité du Dieu créateur qui veut le « bien ».
Genèse 2 reprend les mythes environnants des dieux potiers, pour dénoncer la soumission des humains aux dieux et affirmer au contraire un monde confié aux humains. 
L’être humain n’y apparaît vraiment que dans la relation mutuelle de l’homme et de la femme, une relation aussitôt entachée de domination ( ? c’est la thèse de Wénin), en tout cas aussitôt traversée par la volonté d’être « comme des dieux » (Gn 3). Même dans le récit mythique, il n’y a pas d’être humain véritable avant le vis-à-vis homme/femme et avant la main mise sur l’arbre de la connaissance et la tentative de mettre la main sur l’arbre de la vie.
D’emblée la question de la liberté humaine est posée et celle d’une faille dans la capacité de relation de l’être humain constatée, et analysée comme refus d’être créature limitée et non toute puissante.
Pourquoi récusez-vous l’idée (l’évidence !) d’une « création imparfaite » ?
C’est au contraire la première grande lecture chrétienne de ces textes par Irénée de Lyon qui y voit une humanité infantile accompagnée par la pédagogie divine.
En tout cas, les 9 premiers chapitres de la Genèse montrent clairement la conscience aiguë qu’avaient les auteurs d’une humanité aux prises dès le début avec sa propre violence (Genèse 3), une terre difficile à travailler, une inscription dans les générations difficile à assurer (Genèse 4). Et le mythe montre à travers les récits du déluge à quel point l’équilibre est difficile à trouver pour que l’humanité, travaillée et menacée par sa propre violence, poursuive sur sa lancée. Il y faut la double régulation de la loi morale et de la loi rituelle, le rite alimentaire rappelant sans cesse l’interdiction de tuer (Genèse 9).
Bien sûr la création à laquelle le Christ est présent dès l’origine, et dans laquelle il vient prendre chair, est imparfaite. Comment pourrait-il en être autrement ? et Jésus n’est pas reçu chez les siens, et il est crucifié, mis à mort, plongé dans une violence, dont il vient bloquer la puissance mortifère en mourant « pour tous », pour que tous soient délivrés de ce pouvoir mortel. 
Seule la création nouvelle, ressuscitée, échappe à la violence (qui pourtant continue encore de la menacer), car elle a l’assurance désormais qu’elle n’y sombrera plus « si les croyants tiennent fondés et enracinés, sans se laisser déporter loin de l’espérance  de l’Evangile qu’ils ont entendu » (Colossiens 1,23) !