Vous avez tout à fait raison d'insister sur cet aspect de "séparation" qui est fondamental dans l'oeuvre créatrice de Dieu.
Dieu sépare en partant du magma, du '"tohu bohu", confusion et désordre, pour que les éléments différenciés apparaissent et se mettent en place. Dans d'autres présentations de la création, appuyées sur des éléments mythiques des peuples à l'entour, Dieu domine et remet à leur place les forces déchaînées de la mer, Tiamat (déesse babylonienne de l'eau) ou Léviathan. Ce sont des forces brutes de destruction (les Israélites n'ont jamais été un peuple de marins, et pour les mésopotamiens les crues sont toujours redoutables), que Dieu réduit à l'impuissance pour que le "sec" apparaisse.
Elles sont symboles de la fusion destructrice ; et c'est vrai pour les êtres vivants et pour les humains : la fusion est toujours liée à la domination, à la mainmise et enfin à la destruction de l'autre (qu'on dévore ou engloutit).
Dieu sépare pour qu'il y ait des espaces de respiration, des espaces de liberté, où chacun puisse trouver sa place ; des espaces de rencontre pour qu'un échange respectueux puisse s'établir etc...

Un autre point que vous abordez est celui de la responsabilité et de la conséquence du choix fait par les humains de ne pas respecter la limite, de ne pas respecter la séparation (mettre la main sur tout, sur tous les arbres, c'est vouloir tout dominer, tout confondre).
Sur l'arbre de la connaissance du bien et du mal, puis-je vous suggérer une interprétation  (je n'arrive pas à comprendre bien Wénin). Il s'agit de savoir qui décide du bien et du mal, qui les "sépare". Si les humains s'emparent de cette décision, ce sont eux qui décideront ce qui est bien et ce qui est mal à leur guise ; le prophète Isaïe 5, 17 (cité par Wénin) se plaint : "malheur, ils appellent mal ce qui est bien, et bien ce qui est mal". Avec ce pouvoir, les humains se donnent le droit de juger et donc de condamner à vivre ou à mourir, ils se donnent le droit de vie et de mort. De fait l'arbre de vie est tout proche de l'arbre du bien et du mal....

Quant à la femme, elle n'est pas cadeau empoisonné, elle est l'autre côté de l'humain (à égale avec le côté homme), et en cela une aide accordée à l'autre comme l'autre doit lui être une aide accordée. L'humain ne peut vivre seul en autarcie, il est d'emblée deux, séparés, en vis-à-vis, pour dialoguer et construire l'avenir !