Merci de la question, Claude, je ne suis pas poussée dans des "retranchements", je crois que l'évangile de Jean et le Nouveau Testament (en général) sont assez clairs sur le sujet, même si, comme sur toutes choses il reste en tension entre nos opacités et lourdeurs humaines et la joie du Royaume.
Si je reviens sur le texte de Jean 4, 21-24 il me paraît évident que Jésus (et ses disciples après lui) déplace fermement le "lieu" du culte : "ni sur cette montagne ni à Jérusalem", autrement dit, ni dans le Temple des Samaritains sur le mont Gazirim ni dans le Temple de Jérusalem. 

C'est à la fois nouveau et très ancien, puisque cela ne fait que reprendre l'avertissement constant des prophètes : lisez Isaïe 1, 10-15, c'est sidérant : "cessez d'apporter des vaines offrandes, la fumée je l'ai en horreur!", Amos 5, 22 et Jérémie qui pourfend le Temple : "ne vous bercez pas de paroles illusoires, en répétant 'temple du Seigneur, temple du Seigneur, il est ici', mais plutôt corrigez votre conduite, défendez activement le droit dans la société, n'exploitez pas l'immigré, la veuve...'"(Jr 7, 4ss.).  Enfin bien sûr, Michée 6,8 que tout chrétien devrait savoir par coeur !
Et lorsque les exilés partent à Babylone, la gloire de Dieu abandonne le Temple de Jérusalem pour les accompagner sur les rives des fleuves de Babylone...

Jean-Baptiste et Jésus se sont dressés contre le Temple de Jérusalem. Pas plus que les prophètes, ils ne demandaient une suppression du Temple, mais une purification des coeurs, et que le Temple ne serve qu'à les exhorter et les aider à changer de vie. En tout cas, celui de Jérusalem leur paraissait lourdement corrompu !
Evidemment, les auteurs du Nouveau Testament vont plus  loin, puisqu'ils ont vu, eux, la chute du Temple et sa destruction. Les Juifs d'ailleurs, comme les chrétiens, y ont vu une punition divine.
Mais pour Paul déjà, le véritable Temple, ce sont les nouvelles petites communautés chrétiennes ET le corps de chaque chrétien ; nous avons lu l'an dernier 1 Corinthiens 3, 18 ("vous êtes le temple de Dieu et l'Esprit de Dieu habite en vous" et 1 Co 6,19 : "ne savez-vous pas que votre corps est le temple de l'Esprit saint en vous ?".

Jean ne dit pas autre chose : "en e/Esprit et en vérité" ; et vous posez la question de la vérité, celle que l'Esprit justement doit nous découvrir (au moins un peu plus chaque jour), et dont Jésus dira plus loin dans l'Evangile qu'il en est le chemin. Je crois que pour Jean, si on se réfère au Prologue (qui en est la "pensée" dernière), le temple c'est celui qui a "planté sa tente parmi nous". Au chapitre 2, nous avons lui : "détruisez ce temple  et je le rebâtirai... Il parlait du temple de son corps" (2, 16-22). L'épître aux Hébreux le dira à son tour, il est le "temple véritable, non fait de main d'hommes". La vérité est plutôt de  ce côté-là, mais nous n'aurons jamais fini de la (le) découvrir...

Reste la question de nos églises, vite transformées en temple de Jérusalem ou en temples païens. Le christianisme est sorti des maisons et de la zone d'influence des femmes, et s'est installé dans les cités, d'abord dans des bâtiments publics (supprimés pendant les persécutions, puis rendus), puis dans des"églises" et des " basiliques" (le lieu où juge le basileus, le roi, en Orient), et Constantin en fait construire pour se concilier les chrétiens.
 Il faut des lieux où  se réunir, puisque "lorsque deux ou trois sont réunis en mon nom, je suis au milieu d'eux". Mais je ne suis pas sûre que le respect dû aux lieux de réunions des chrétiens (comme des autres religions) doive les transformer en "lieux sacrés" avec l'aura de mystère et de terreur que font régner les divinités païennes.

Autrement dit, je respecte totalement les lieux dits "saints" parce que le nom de Dieu y est prononcé, honoré, et que la mémoire vivante du Christ mort et ressuscité y est actualisée et célébrée ; mais  je refuse de considérer les églises comme des lieux plus sacrés que d'autres. Le lieu sacré, s'il en est un, c'est le coeur humain habité par l'e/Esprit du Christ, et si on veut être paulinien, le corps humain tout entier ; le petit groupe aussi qui se réunit "en son nom".