Bonjour, François,
J'avoue que je ne comprends pas bien votre question. J'essaie de préciser, et vous me direz si c'est bien cela.
Vous partez de l'idée que c'est le disciple bien-aimé qui tient la plume ou en tout cas qui autorise celui qui écrit (l'évangéliste s'autorise de lui), et vous poursuivez  avec raison : il se veut l'exégète (le mot n'est pas dans le texte, on a plutôt "témoin" en 21,25) de Jésus, lui-même exégète du Père (1,18). Il y a donc double "traduction" ou double "interprétation", puisque le verbe "être l'exégète" signifie qu'on explique en conduisant sur le chemin, et qu'on a aussi un verbe "interpréter/traduire " (être l'herméneute)  qui a un sens tout proche.
Et vous vous scandalisez que la Parole du Père puisse être comprise comme une parole de condamnation (pour ceux qui excluent de la synagogue) comme pour ce monde païen "qui hait les disciples". 
C'est conclure beaucoup trop vite et imprudemment que, comme le fait l'auteur dans le conflit aigu avec la Synagogue, Dieu vouerait son peuple ("les Juifs") à la condamnation. C'est effectivement ce qu'ont fait, de façon catastrophique et mortifère pour la suite de l'histoire, des auteurs du  2ème siècle, Méliton de Sardes, la lettre à Barnabé, qui ont fini par oser le mot "déicide", qui est impardonnable.
Ce que j'essaie de montrer depuis tant d'années, c'est que la Bible (évangiles compris) n'est jamais la Parole de Dieu tombée en direct sur un auteur humain. Le serait-elle, qu'il faudrait tenir compte de la situation contextuelle, de l'intelligence toujours limitée, des représentations socio-religieuses et des passions personnelles, de l'auteur humain. Oui, on les dit inspirés, et ils les sont, dans les limites étroites de leur cerveau et de leurs coeurs humains, dans les ambiguïtés du langage et de l'écriture humaine etc.
Oui, les auteurs de l'évangile de Jean, dans un conflit aigu avec la synagogue (comme un peu plus tard avec le monde païen, et plus tard encore avec des dissidents docètes à l'intérieur même de leur groupe) sont entrés en conflit parfois violent avec les Juifs, avec le monde, avec leurs déviants). Et la tendance a été, se séparant du judaïsme, d'englober tous les juifs (-dont ils venaient  et dont ils étaient-) sous le mot Ioudaioi, les "Juifs", qui deviennent souvent la figure privilégiée de l'adversaire.
C'est oublier d'une part que le mot peut aussi parfois (le plus souvent) représenter les autorités juives qui ont voulu la mort de Jésus (la TOB traduit ainsi en 18,14 etc, en 19,4.7 etc   Et la traduction liturgique est coupable de ne pas avoir suivi.
D'autre part qu'au coeur du chapitre 4 au verset 23, on lit dans la bouche de Jésus : "le salut vient des Juifs".
Preuve d'un débat aussi sur le sujet à l'intérieure de la communauté johannique. Et de la nécessité de lire avec distance, en faisant nous aussi "l'exégèse" du texte. D'un évangile situé au milieu de trois autres différents, au milieu d'un Nouveau Testament beaucoup plus riche, d'une Bible, infiniment plus large, et de centaines, voire milliers d'années de chercheurs qui essaient de percevoir dans ces textes humains inspirés le chemin qui conduit à Dieu ! 

suite de ma réponse inopinément interrompue
j'avais l'impression que l'auteur de l'évangile donnait sous le couvert de la Parole de Dieu une interprétation un peu subjective d'autant plus que rétrospective.

Il ne s'agit pas d'interpréter "sous le couvert" de la Parole de Dieu, mais de comprendre que toute parole inspirée dans l'Ecriture est interprétation rétrospective et subjective d'une expérience humaine de Dieu, et que Dieu ne nous parle jamais autrement que dans une parole humaine qu'il assume, dans une interprétation toujours rétrospective et subjective de ce qui a été donné à vivre.
C'est ce que nous affirmons en croyant à l'incarnation. C'est même aussi ce que sont en train de découvrir les savants musulmans qui se penchent sur le Coran et en découvrent aujourd'hui les différentes sources et les différentes strates.....